پژوهش از مهم‌ترین ارکان توسعه هر جامعه است و در دوران کنونی، دانشگاه‌ها عهده‌دار انجام این مسئولیت‌اند. دانشگاه مفید، بنیانی برای اجرای این مسئولیت و گستره‌ای برای تلفیق علوم و اندیشه‌های حوزوی و دانشگاهی و تولید دانش در علوم انسانی است. فعالیت‌های پژوهشی دانشگاه مفید از فروردین سال ۱۳۷۵ با عنوان دفتر برنامه‌ریزی و خدمات پژوهشی آغاز شده و از تاریخ ۱۳۷۶/۱/۱ به‌عنوان معاونت پژوهشی استمرار یافته است. معاونت پژوهشی از ترکیب ستاد و صف تشکیل شده است که حوزۀ ستادی معاونت به‌وسیلۀ معاون پژوهشی اداره می‌گردد. این حوزه دارای سه بخش دفتر امور پژوهشی، کتابخانه و مرکز اسناد و همچنین سازمان انتشارات است.
وظایف:
۱- اداره و نظارت بر حسن اجرای کلیه سیاست‌ها، مقررات و فرآیندهای پژوهشی دانشگاه، مطابق با ضوابط، مقررات و آیین‌نامه‌های مربوط و ایجاد هماهنگی بین واحدهای پژوهشی دانشگاه؛
۲- هدایت و نظارت بر فعالیت‌های ادارات و واحدهای تابعه معاونت پژوهش و برنامه‌ریزی مستمر برای اصلاح روندها و افزایش بهره‌وری؛
۳- تهیه اهداف، اولویت‌های پژوهشی، سیاست‌ها و برنامه‌های کلی پژوهشی و ارائه آنها به شورای پژوهشی دانشگاه؛
۴- نظارت و ارزیابی و تحلیل عملكرد پژوهشی اعضای هیأت علمی دانشگاه و اعمال مقررات مرتبط و اتخاذ تصمیمات لازم برای رفع معایب و ارتقای کیفیت عملکرد ایشان؛
۵- هدایت و نظارت بر فعالیّت‌های پژوهشی دپارتمان‌ها؛
۶- هدایت و نظارت بر فعالیت مراكز مطالعات و فراهم آوردن زمینه همكاری آنها با مراكز پژوهشی داخلی و خارجی؛
۷- بررسی و تأیید طرح های پژوهشی واصله از مراكز مطالعات و دپارتمان ها و ارسال طرح های پژوهشی كلان به شورای پژوهشی جهت طی مراحل تأیید؛
۸- نظارت بر رعایت ضوابط دانشگاه در اجرای مفاد قراردادهای پژوهشی و ارائه گزارش به شورای پژوهشی و رئیس دانشگاه؛
۹- گسترش و تقویت فرهنگ پژوهش در مجموعه دانشگاه بویژه از طریق پیشنهاد تدابیر موثر جهت ترغیب و تشویق اعضای هیأت علمی و دانشجویان دانشگاه به فعالیت های پژوهشی؛
۱۰- دریافت پیشنهاد برگزاری همایش‌ها، جشنواره‌ها، كارگاه‌ها و برنامه‌های علمی و بین‌المللی از دپارتمان‌ها و مراكز مطالعاتی و طرح در شورای پژوهشی جهت بررسی و تصویب؛
۱۱- اتخاذ تدابیر لازم به منظور هدایت پایان نامه ها و رساله‌ها و سایر تولیدات پژوهشی دانشگاه در راستای اهداف دانشگاه؛
۱۲- ارزیابی عملكرد پژوهشی سالانه دانشگاه جهت ارائه به رئیس دانشگاه؛
۱۳- نظارت بر مجلات علمی دانشگاه و اتخاذ تدابیر لازم برای ارتقای كیفی مطابق با شاخص‌های ارزیابی وزارت علوم، تحقیقات و فناوری و وزارت فرهنگ و ارشاد اسلامی؛
۱۴- تهیه دستور جلسه و تشكیل شورای پژوهشی دانشگاه مطابق ضوابط؛
۱۵- ارائه گزارش‌های ادواری و سالیانه به شورای پژوهشی و رئیس دانشگاه؛
۱۶- پی‌گیری امور مرتبط با معاونت پژوهش در وزارت علوم، تحقیقات و فناوری؛
۱۷- انجام امور محوله بر اساس آیین‌نامه‌های دانشگاه به معاون پژوهشی و سایر امور ارجاعی از سوی رئیس دانشگاه.
